Trong 25 ngày chiến đấu, cả hai bên đều chịu thiệt hại lớn. Quân Mỹ và Việt Nam Cộng Hòa có hơn 4.400 thương vong, còn Quân Giải phóng mất khoảng 3.000 tới 4.000 người (trong đó có 1.042 người tử trận). Tính theo tỷ lệ, các đơn vị Mỹ - Việt Nam Cộng Hòa thương vong 1/4 quân số, trong khi quân Giải phóng thương vong 1/3.

Hãng AFP đưa tin: “Trong các trận đánh hàng nghìn quân nhân đã bị giết. Quân đội Hoa Kỳ và quân chính phủ (Sài Gòn) phải chôn những người chết của họ bất kỳ nơi nào và lúc nào có thể được. Còn lính dù Nam Việt Nam thì chôn xác ngay trên trận địa”. Về phía Quân giải phóng, theo chỉ huy trưởng Lê Minh, để đánh lùi các đợt phản kích, trong tuần đầu “thương vong trong nội thành đã lên tới 300”[9]

Tài liệu của Quân Giải phóng ghi nhận: Sau 25 ngày đêm chiến đấu và làm chủ thành phố Huế, quân và dân ta đã diệt, bắt sống, bức hàng và làm tan rã 25.000 tên địch, bắn rơi và phá hỏng hơn 200 máy bay, bắn cháy 41 tàu chiến, phá huỷ 533 xe quân sự, giải phóng 210.000 dân, 20 xã, 271 thôn, thành lập chính quyền ở 200 thôn.

Trong khi xét về chiến thuật, quân Mỹ - Việt Nam Cộng Hòa đã thành công khi tái chiếm được Huế, nhưng xét về toàn cục thì họ đã nếm đòn đau nhất trong các cuộc tấn công Tết Mậu Thân. Với việc giữ được thành phố 25 ngày, quân Giải phóng ở Huế đã giành thành công lớn nhất và giữ được thành phố lâu nhất so với các thành phố khác, góp phần quan trọng vào thắng lợi chính trị cũng như tạo ý nghĩa tuyên truyền của tổng tiến công và nổi dậy trên toàn Miền.

Mặt khác, chính chiến thuật của Mỹ - Việt Nam Cộng Hòa cũng đẩy tình cảnh của họ vào thế bất lợi, bởi việc sử dụng vũ khí hạng nặng trong chiến tranh đô thị, tuy giúp giảm thương vong, song lại gây tàn phá chết chóc cho dân thường. Những hình ảnh này được trình chiếu lên truyền hình vô hình trung đã khiến nhân dân Mỹ căm phẫn, làm quân đội Mỹ mất đi sự ủng hộ của công chúng, tác động tiêu cực tới chiến lược chiến tranh của họ. Trận đánh này cùng với Tết Mậu Thân vẫn thường được giới sử học Mỹ coi là "Begin the lost of the War"[cần dẫn nguồn] - Khởi đầu của sự thất bại.

Sự thiệt hại cho dân thường

Tòa tỉnh trưởng, qua đài phát thanh Huế, đã ra thông cáo thiết quân luật 24 trên 24. Tuy nhiên nhiều thường dân đã liều chạy về nhà cũ thu thập chăn mền, chiếu, gạo, nồi niêu, bát đĩa. Tại hữu ngạn sông Hương có 2 trung tâm tỵ nạn, một tại Dòng Chúa Cứu Thế và một tại trường Kiểu Mẫu, một trại khác đã được tạo lập tại Phú Lương.

Những trại tỵ nạn này được lập ngay từ khi quân lực Hoa Kỳ mở cuộc phản công và họ giải tỏa đến đâu thì dân chúng đến tập trung tại các trung tâm tỵ nạn. Đến ngày 10 tháng 2 năm 1968, người ta mới bắt đầu thu lượm xác chết và dân chúng nằm rải rác rồi tạm chôn ngay bên đường, không thể dời ra nghĩa địa được.

Để tiêu diệt quân Giải phóng trong đô thị, quân Mỹ dùng pháo hạm và máy bay ném bom bắn phá suốt ngày đêm. Các loại vũ khí có sức sát thương hàng loạt như súng không giật 107 mm bắn đạn tạo mưa đinh, bom napan, đạn pháo tăng, súng phun lửa... được sử dụng tối đa. Bên cạnh việc giúp tiêu diệt đối phương, những vũ khí này cũng gây tác hại rất lớn cho dân thường. Theo thống kê, sau 25 ngày chiến sự, 80% nhà cửa ở Huế đã bị bom đạn Mỹ phá hủy, hàng ngàn thường dân cũng chết trong các cuộc giao tranh.[10] Theo tài liệu của Quân Giải phóng, họ đã phải chôn cất hàng ngàn dân thường trong các hố chôn tập thể cùng binh sĩ của họ.

Một số tài liệu Mỹ và phương Tây cho rằng trong lúc chiếm giữ Huế, quân Giải phóng đã xử tử nhiều nhân viên quân sự và dân sự thuộc chính quyền Việt Nam Cộng hòa.[11][12][13] Theo ông Mark Woodruff, một báo cáo của Mặt trận Dân tộc Giải phóng bắt được ngày 25 tháng 4 năm 1968 ghi rằng họ đã "diệt 1.892 nhân viên hành chánh, 38 cảnh sát, 790 tên ác ôn, sáu đại úy, 1 trung úy, 20 thiếu úy và nhiều sĩ quan trừ bị…" tại Huế.[14] Ngược lại, phía quân Giải phóng và một số tài liệu Mỹ và phương Tây cho biết: Cái gọi là "cuộc thảm sát" chỉ là đòn tâm lý chiến mà Mỹ dựng lên, thực tế bom Mỹ đã làm nhiều thường dân chết lẫn lộn cùng binh lính hai bên. Quân Giải phóng đã tự chôn cất thường dân chết do hỏa lực của Mỹ, do vậy Hoa Kỳ mới phát hiện xác thường dân trong các ngôi mộ tập thể. Vào thời điểm đó, một số hãng thông tấn nước ngoài và các nhà báo độc lập đã đến kiểm chứng các hố chôn tập thể, nhưng bị phía Mỹ và Việt Nam Cộng hòa ngăn cản.[15][16][17][18][19] Điều này đặt nghi vấn: tại sao Mỹ và Việt Nam Cộng Hòa sau khi tái chiếm Huế đã không cho phóng viên quốc tế tới hiện trường để điều tra viết bài, trong khi nếu sự việc có thật thì lẽ ra Mỹ phải tận dụng vì đây sẽ là cơ hội tuyên truyền rất tốt cho họ.

Thiệt hại gây ra cho Hoàng Thành

Sau khi trận tổng công kích của quân Giải phóng miền Nam thực hiện vào Huế kết thúc, Huế đã bị tàn phá tới 80% nhà cửa. Thành Nội với chiều dài 2.5 km kể như hoàn toàn bị tàn phá.

Nhiều công trình bị thiệt hại trong Hoàng Thành. Cửa Ngọ Môn cùng các công trình khác bị hư hại nặng nề, làm biến dạng, mãi đến cuối thập niên 1970 mới được trùng tu, sửa chữa.[cần dẫn nguồn]